Seligenstadt wurde am 11. Januar 815 zum ersten Mal in einer Schenkungsurkunde urkundlich erwähnt – damals mit dem Namen Obermühlheim.[3] Die Stadt wurde von Einhard, dem Biographen Karls des Großen, gegründet. Nachdem er die fränkische Siedlung Obermulinheim 815 von Ludwig dem Frommen als Schenkung erhalten hatte, begründete er hier ein Benediktinerkloster. Als ein früherer Besitzer wird ein Graf Drogo genannt. Die in Rom gestohlenen Gebeine der Märtyrer Petrus und Marcellinus wurden aus der Basilika in Steinbach im Odenwald nach Obermühlheim überführt. Deshalb änderte sich schon bald der Ortsname von Obermühlheim zu Seligenstadt. Um 830 wurde mit dem Bau der Einhard-Basilika begonnen, dem Wahrzeichen der Stadt am Untermain.
 1028 wurde in der Stadt eine römisch-katholische Synode abgehalten, deren wichtigstes Ergebnis die Einführung des Quatember mit strengen Fastenregeln war. 1063 bestätigte Kaiser Heinrich IV. dem Erzbischof von Mainz die Rechtmäßigkeit seines Besitzes der Abtei.
Kaiser Friedrich Barbarossa hielt 1188 einen Hoftag in Seligenstadt ab. Während seiner Regierungszeit erhielt der Ort Stadtrechte, und ein Königshof (Palladium) wurde am Mainufer gebaut.
Seligenstadt gründete 1346 als eine von neun Städten den Neunstädtebund des Mainzer Oberstifts. Zunächst mit kommunaler Selbstverwaltung (Ratsverfassung) ausgestattet, konnten die Mitgliedsstädte sich im Verlauf des 15. Jahrhunderts von ihrem Landesherrn, dem Mainzer Erzbischof und zum Mainzer Domkapitel weiter emanzipieren. Unter anderem hatte Seligenstadt das Recht, eigenständig Steuern zu erheben und zu bewilligen. Das Selbstverwaltungsrecht endete mit den erzbischöflichen Verfügungen aus den Jahren 1527 und 1528, mit welchen der Städtebund faktisch aufgelöst wurde.